1、调用的路径，相对路径有时候不是很靠谱。 
2、被调用的脚本有没有执行权限。 
3、被调用的脚本能不能及时return，因为默认情况下php的页面只有30sec的执行周期。

1.使用system函数调用最好在前面指定shell路径，如：

system("/bin/bash ./start-instance.sh",$status);

2.

exec("/**/**.sh > /dev/null 2>&1 &"); 
把shell扔给后台，而且把输出重定向到空设备。

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：

1） 用PHP提供的专门函数

PHP提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。

system()

原型：string system (string command [, int return_var])

system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。

例子：

system("/usr/local/bin/webalizer/webalizer"); 
?>

exec()

原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])

exec() 函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array可以 得到完整的结果，方法是把结果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二个参 数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码。

例子：

exec("/bin/ls -l"); 
exec("/bin/ls -l", $res); 
#$res是一个数据，每个元素代表结果的一行 
exec("/bin/ls -l", $res, $rc); 
#$rc的值是命令/bin/ls -l的状态码。成功的情况下通常是0 
?>

passthru()

原型：void passthru (string command [, int return_var])

passthru() 只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus（Unix 下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。

例子：

header("Content-type: p_w_picpath/gif"); 
passthru("./ppmtogif hunte.ppm"); 
?> 
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
后来，把shell脚本放到了safe_mode_exec_dir目录，调用成功~~

写个页面的东西，来执行服务器上命令，最简单的比如reboot命令，用php来调用 参考网上方法如下

先建立一个脚本（ /root/reboot_server.sh ），重启用的。

代码如下:

#!/bin/bash

reboot

再给他赋予权限 4755

chown root:root /root/reboot_server.sh

chmod 4755 /root/reboot_server.sh

chmod 4777 /sbin/reboot

、

再在 php 里, 想办法做如下调用 php

reboot.php 代码如下:

exec ("/root/reboot_server.sh",$out,$status);

print_r($out);

print_r($status);

?>

然后，通过页面来访问reboot.php(lnmp平台做了虚拟主机，可以通过域名来访问x.x.com/reboot.php)

其结果返回 126的状态码，搜索网上解决方案，一直无果

索性将/root/reboot_server.sh移到了和reboot.php 同一个目录中

访问，可以了，返回状态码0 系统重启了

意识到是目录权限的问题，/root目录对php的用户www没有可执行权限

chmod -R 755 /root

然后把reboot_server.sh移动到了/root 重新测试

搞定了