第一种方法， 当然是增加你的 wait-timeout值，这个参数是在my.cnf(在Windows下台下面是my.ini）中设置，我的数据库负荷稍微大一点，所以，我设置的值 为10，（这个值的单位是秒，意思是当一个数据库连接在10秒钟内没有任何操作的话，就会强行关闭，我使用的不是永久链接 （mysql_pconnect),用的是mysql_connect,关于这个wait-timeout的效果你可以在MySQL的进程列表中看到 （show processlist) ），你可以把这个wait-timeout设置成更大，比如300秒，呵呵，一般来讲300秒足够用了，其实你也可以不用设置，MySQL默认是8个小 时。情况由你的服务器和站点来定。
第二种方法：
这也是我个人认为最好的方法，即检查MySQL的链接状态，使其重新链接。
可 能大家都知道有mysql_ping这么一个函数，在很多资料中都说这个mysql_ping的API会检查数据库是否链接，如果是断开的话会尝试重新连 接，但在我的测试过程中发现事实并不是这样子的，是有条件的，必须要通过mysql_options这个C API传递相关参数，让MYSQL有断开自动链接的选项（MySQL默认为不自动连接），但我测试中发现PHP的MySQL的API中并不带这个函数，你 重新编辑MySQL吧，呵呵。但mysql_ping这个函数还是终于能用得上的，只是要在其中有一个小小的操作技巧：
这是我的的数据库操作类中间的一个函数
function ping(){
if(!mysql_ping($this->link)){
mysql_close($this->link); //注意：一定要先执行数据库关闭，这是关键
$this->connect($this->t_dbhost,$this->t_dbuser,$this->t_dbpw,$this->t_dbname,$this->t_pconnect);
}
}
我需要调用这个函数的代码可能是这样子的
for($i=0;$i<10;i++){
$str=file_get_contents(’http://www.aol.com’);
}
$db->ping(); //经过前面的网页抓取后，或者会导致数据库连接关闭,检查并重新连接
$db->query(’select * from table’);
ping()这个函数先检测数据连接是否正常，如果被关闭，整个把当前脚本的MYSQL实例关闭，再重新连接。
经过这样处理后，可以非常有效的解决MySQL server has gone away这样的问题，而且不会对系统造成额外的开销。