InnoDB和MyISAM是许多人在使用MySQL时最常用的两个表类型，这两个表类型各有优劣，视具体应用而定。
 
基本的差别为：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而 InnoDB提供事务支持已经外部键等高级功能。
 
以下是一些细节和具体实现的差别：
 
1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
 
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，假如在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
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在实际应用中，MyISAM不一定比InnoDB快，原因如下：
 
MyISAM采用的是表级锁和读乐观锁，也即是在有读操作时，所有对同个表的操作将被阻塞等待读操作完成，反则亦然，多个写操作之间也会胡星排斥。然而多个读操作读取同个表时不会互相排斥，所以在这种读多写少的场景下MyISAM比使用多版本控制的行级所的InnoDB表现的性能要好。
 
InnoDB采用的是多版本行级锁，所谓多版本行级锁，简单的来讲就是InnoDB会为没行记录增加一个类似于版本库的队列，读操作获取到的是当前操作的版本的上一个版本，保证读取到的内容是上一次操作保存好的数据，在写操作的时候会锁定当前版本的数据行，完毕后该数据行的版本加1。这样，在写和更新某一行记录的时候才加锁，读的是上一版本的数据，从而给读写都频繁的场景下提供了更高的并发性。