具体实现方法如下：

function add_wm($nmw_water, $src_file, $output_file, $x, $y) {    
    if(file_exists($output_file))    
      return;    
    $w1 = MagickGetImageWidth($nmw_water);    
    $h2 = MagickGetImageHeight($nmw_water);    
    $nmw =NewMagickWand();    
    MagickReadImage($nmw, $src_file);    
    // 默认的加水印位置调整    
    $lt_w = 50;    
    $lt_h = 50;    
    if($x == 0){    
      $w = MagickGetImageWidth($nmw);    
      $h = MagickGetImageHeight($nmw);    
      $x = $w;    
      $y = $h;    
    }else{    
      // 根据具体情况调整    
      $lt_w = 30;    
      $lt_h = 40;    
    }    
    MagickCompositeImage($nmw, $nmw_water, MW_OverCompositeOp, $x - $w1 - $lt_w, $y - $h2 - $lt_h);    
    MagickWriteImage($nmw, $output_file);    
    DestroyMagickWand($nmw);        
  }    
  // 还是groovy的eachFileRecurse好用啊    
  function add_wm_recurse($nmw_water, $to_dir, $output_dir, $arr) {
    $dp = dir($to_dir);    
    while($file=$dp->read()){    
      if($file != '.' && $file != '..'){    
        if(is_dir($to_dir . '/' . $file)){    
          mkdir($output_dir . '/' . $file);    
          add_wm_recurse($nmw_water, $to_dir . '/' . $file, $output_dir . '/' . $file, $arr);    
        }else{    
          if(!array_key_exists($to_dir . '/' . $file, $arr)){
            continue;    
          }    
          $sub_arr = $arr[$to_dir . '/' . $file];    
          if($sub_arr){    
            $x = intval($sub_arr[0]);    
            $y = intval($sub_arr[1]);    
            add_wm($nmw_water, $to_dir . '/' . $file, $output_dir . '/' . $file, $x, $y);    
          }    
        }    
      }    
    }    
    $dp->close();    
  }    
  $to_dir = './resized';    
  $output_dir = './output';    
  // 这个是我用java的ImageIO遍历图片像素获取的符合裤子颜色的区域的坐标array(posX, posY)    
  $arr = array(    
    array(50, 50)    
  );    
  $water = './water.png';    
  $nmw_water =NewMagickWand();    
  MagickReadImage($nmw_water, $water);    
  add_wm_recurse($nmw_water, $to_dir, $output_dir, $arr);    
  DestroyMagickWand($nmw_water);