php 代码加密类，大家可以根据自己的需求进行修改，原类如下，该实例在ubuntu下测试没有问题。

initialVar();
      //echo "hello \n";
    }
    /*
    *@input $property_name,$value
    *@output
    *  魔法方法，对变量进行设置值；可根据需求进行处理。若直接去除if判断表示可用设置任何属性的值，包括不存在的属性；
    */
    public function __set($property_name,$value){
      //定义过的变量；
      if(isset($this->$property_name)){
        $this->$property_name = $value;
      }else{
        //异常处理，处理未声明的变量赋值；可根据需求进行处理。
        throw new Exception("property does not exist");
      }
    }
    //魔法方法 取出变量的值；
    public function __get($property_name){
      if(isset($this->$property_name)){
        return $this->$property_name;
      }else{
        //throw new Exception("property does not exist");
        return NULL;
      }
    }
    //取随机排序
    private function RandAbc($length=""){//随机排序取回
     $str="ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz";
     return str_shuffle($str);
    }
    //对明文内容进行加密处理
    private function ciphertext($filename){
      //$filename='index.php';
      $T_k1=$this->RandAbc();
      $T_k2=$this->RandAbc();
      $vstr=file_get_contents($filename);
      $v1=base64_encode($vstr);
      $c=strtr($v1,$T_k1,$T_k2);
      $this->c=$T_k1.$T_k2.$c;
      return $this;
    }
    //初始化变量
    private function initialVar(){
      $this->q1="O00O0O";//base64_decode
      $this->q2="O0O000";//$c(原文经过strtr置换后的密文，由 目标字符+替换字符+base64_encode(‘原文内容')构成)
      $this->q3="O0OO00";//strtr
      $this->q4="OO0O00";//substr
      $this->q5="OO0000";//52
      $this->q6="O00OO0";//urldecode解析过的字符串（n1zb/ma5\vt0i28-pxuqy*6%6Crkdg9_ehcswo4+f37j）
    }
    //生成加密后的模板(复杂版本);
    private function model(){
      //$c = $this->c;
      //$this->initialVar();
      $this->s='q6.'=urldecode("%6E1%7A%62%2F%6D%615%5C%76%740%6928%2D%70%78%75%71%79%2A6%6C%72%6B%64%679%5F%65%68%63%73%77%6F4%2B%6637%6A");$'.
      $this->q1.'=$'.$this->q6.'{3}.$'.$this->q6.'{6}.$'.$this->q6.'{33}.$'.$this->q6.'{30};$'.$this->q3.'=$'.$this->q6.'{33}.$'.$this->q6.'{10}.$'
      .$this->q6.'{24}.$'.$this->q6.'{10}.$'.$this->q6.'{24};$'.$this->q4.'=$'.$this->q3.'{0}.$'.$this->q6.'{18}.$'.$this->q6.'{3}.$'.$this->q3.'{0}
      .$'.$this->q3.'{1}.$'.$this->q6.'{24};$'.$this->q5.'=$'.$this->q6.'{7}.$'.$this->q6.'{13};$'.$this->q1.'.=$'.$this->q6.'{22}.$'.$this->q6.'{36}
      .$'.$this->q6.'{29}.$'.$this->q6.'{26}.$'.$this->q6.'{30}.$'.$this->q6.'{32}.$'.$this->q6.'{35}.$'.$this->q6.'{26}.$'.$this->q6.'{30};
      eval($'.$this->q1.'("'.base64_encode('$'.$this->q2.'="'.$this->c.'";
      eval(\'?>\'.$'.$this->q1.'($'.$this->q3.'($'.$this->q4.'($'.$this->q2.',$'.$this->q5.'*2),$'.$this->q4.'($'.$this->q2.',$'.$this->q5.',$'.$this->q5.'),
      $'.$this->q4.'($'.$this->q2.',0,$'.$this->q5.'))));').'"));?>';
      return $this;
    }
    //创建加密文件
    private function build($target){
      //$this->encodes("./index.php");
      //$this->model();
      $fpp1 = fopen($target,'w');
      fwrite($fpp1,$this->s) or die('写入是失败！');
      fclose($fpp1);
      return $this;
    }
    //加密处理 连贯操作
    public function encode($file,$target){
      //$file = "index.php";
      //连贯操作其实就是利用函数处理完后返回自身
      $this->ciphertext($file)->model()->build($target);
      echo 'encode------'.$target.'-----ok
';
    }
    //解密
    public function decode($file,$target=''){
      //读取要解密的文件
      $fpp1 = file_get_contents($file);
      $this->decodeMode($fpp1)->build($target);
      echo 'decode------'.$target.'-----ok
';
    }
    //解密模板，得到解密后的文本
    private function decodeMode($fpp1){
      //以eval为标志 截取为数组，前半部分为密文中的替换掉的函数名，后半部分为密文
      $m = explode('eval',$fpp1);
      //对系统函数的替换部分进行执行，得到系统变量
      $varStr = substr($m[0],strpos($m[0],'$'));
      //执行后，后续就可以使用替换后的系统函数名
      eval($varStr);
      //判断是否有密文
      if(!isset($m[1])){
        return $this;
      }
      //对密文进行截取 {$this->q4} substr
      $star = strripos($m[1],'(');
      $end = strpos($m[1],')');
      $str = ${$this->q4}($m[1],$star,$end);
      //对密文解密 {$this->q1} base64_decode
      $str = ${$this->q1}($str);
      //截取出解密后的 核心密文
      $evallen = strpos($str,'eval');
      $str = substr($str,0,$evallen);
      //执行核心密文 使系统变量被赋予值 $O0O000
      eval($str);
      //并不能将如下段封装，因为 ${$this->qn} 并不能在全文中起作用
      $this->s = ${$this->q1}(
        ${$this->q3}(
          ${$this->q4}(
            ${$this->q2},${$this->q5}*2
          ),
          ${$this->q4}(
            ${$this->q2},${$this->q5},${$this->q5}
          ),
          ${$this->q4}(
            ${$this->q2},0,${$this->q5}
          )
        )
      );
      return $this;
    }
    //递归读取并创建目标目录结构
    private function targetDir($target){
      if(!empty($target) ) {
        if(!file_exists($target)){
          mkdir($target,0777,true);
        }else{
          chmod($target,0777);
        }
      }
    }
    //递归解密 对指定文件夹下的php文件解密
    public function decodeDir($source,$target=""){
      if(is_dir($source)){
        $this->targetDir($target);
        $dir = opendir($source);
        while(false!=$file=readdir($dir))
        {
          //列出所有文件并去掉'.'和'..' 此处用的实例为thinkphp框架，所以默认排除里Thinkphp目录，用户可以按照自己的需求设置
          if($file!='.' && $file!='..' && $file !='ThinkPHP')
          {
            $path = $target.DIRECTORY_SEPARATOR.$file;
            $sourcePath = $source.DIRECTORY_SEPARATOR.$file;
            $this->decodeDir($sourcePath,$path);
          }
        }
      }else if(is_file($source)){
        $extension=substr($source,strrpos($source,'.')+1);
        if(strtolower($extension)=='php'){
          $this->decode($source,$target);
        }else{
          //不是php的文件不处理
          copy($source, $target);
        }
        //return;
      }
    }
    //递归加密 对指定文件夹下的php文件加密
    public function encodeDir($source,$target){
      if(is_dir($source)){
        $this->targetDir($target);
        $dir = opendir($source);
        while(false!=$file=readdir($dir))
        {
          //列出所有文件并去掉'.'和'..'
          if($file!='.' && $file!='..' && $file !='ThinkPHP')
          {
            $path = $target.DIRECTORY_SEPARATOR.$file;
            $sourcePath = $source.DIRECTORY_SEPARATOR.$file;
            $this->encodeDir($sourcePath,$path);
          }
        }
      }else if(is_file($source)){
        $extension=substr($source,strrpos($source,'.')+1);
        if(strtolower($extension)=='php'){
          $this->encode($source,$target);
        }else{
          copy($source, $target);
        }
      }
    }
}
$ob = new Encryption();
$ob->source = "/var/www/bookReservation";
$ob->target = "/var/www/jiami/bookReservation";
//解密指定文件
//$ob->decode('D:\\php\\WWW\\workspace\\weixin2\\Application\\Home\\Controller\\IndexController.class.php');
//$ob->decode('jiami.php');
//$ob->decode('dam6.php');
//对一个指定的文件目录进行加密
$ob->encodeDir($ob->source,$ob->target);
//对一个指定的文件目录进行解密
$ob->decodeDir($ob->target,"/var/www/jiami/bookReservationD");