out_con <- file("out.txt", "w")
write(sprintf("This is line %d.\n",1),out_con,append=T)
write("This is line 2.",out_con,append=T)
close(out_con)

或者

printer = file("out.txt","w")
writeLines("This is line.",con=printer,sep=" ")
writeLines("The same line.",con=printer)
close(printer)

参考:

http://grokbase.com/t/r/r-help/137hry3mga/r-writing-multiple-lines-to-a-file

也可以用sink

sink("tmp_out.txt")
con <- file("raw.txt", "r")
line <- readLines(con, n=1)
while(length(line) != 0) {
   c = unlist(strsplit(line, "\t"))
   if (c[1] == "Contig") {
          #k_test <- rbind(k_test, c)
          cat(line)
          cat("\n")
   }
   else if (as.numeric(c[1]) %in% g.out$name) { 
         ##a <- sapply(c, as.numeric)
         ##k_test <- rbind(k_test, a)
         cat(line)
         cat("\n")
   }
   line = readLines(con, n=1)
}
close(con)
sink()